Lain Iwakura, una torpe e introvertida de catorce años, es una de las muchas niñas de su escuela que recibe un correo electrónico inquietante de su compañera de clase Chisa Yomoda, la misma Chisa que recientemente se suicidó. Lain no tiene ni el deseo ni la experiencia para manejar incluso la tecnología básica; sin embargo, cuando el tecnofóbico abre el correo electrónico, conduce a Wired, a un mundo virtual de redes de comunicación similar a lo que conocemos como Internet. La vida de Lain se vuelve del revés cuando comienza a encontrar misterios crípticos uno tras otro. Los hombres extraños llamados Hombres de Negro comienzan a aparecer donde quiera que va, haciéndole preguntas y de alguna manera sabiendo más sobre ella de lo que ella misma sabe. Con los límites entre la realidad y el ciberespacio que se difuminan rápidamente, Lain se ve sumida en eventos más surrealistas y extraños donde identidad, conciencia y percepción son conceptos que adquieren nuevos significados.

Escrito por Chiaki J. Konaka, cuyos otros trabajos incluyen Texhnolyze, Serial Experiments Lain es una serie de misterio de vanguardia psicológica que sigue a Lain mientras toma decisiones cruciales que afectarán tanto al mundo real como a Wired. Al cerrar un mundo y abrir otro, solo Lain se dará cuenta del significado de su presencia.